سیر تاریخی مرقد فاطمه معصومه در طول دوره‌های مختلف دستخوش تغییراتی بوده‌است. در سال ۶۰۵ هجری «امیر مظفر احمد بن اسماعیل» بزرگ خاندان آل مظفر، بزرگ‌ترین استاد کاشی‌ساز آن زمان «محمد بن ابی طاهر کاشی قمی» را به‌کار ساخت و پرداخت کاشی‌های متنوع مرقد واداشت. او به مدت هشت سال به این کار مشغول بود تا سرانجام در سال ۶۱۳ کاشی‌های مرقد آماده و کار گذاشته شد. در دوره های صفویه و قاجاریه بنا تکمیل و به کاشی های آن اضافه شده است.  

 

کاشی انتخاب شده از این بنا بر روی دیوار صحن اتابکی قرار دارد و مربوط به عهد قاجار و شامل رنگ های لاجوردی، زرد، مشکی، فیروزه‌ای و صورتی است.